Genome browser

OIST Marine Genomics Unit since 2008

Gene
Gene Model IDpfu_aug2.0_1120.1_01395
Locus scaffold1120.1 : 71536 ... 95846 : +
To GenomeBrowser scaffold1120.1:71536..95846
Genes list of scaffold scaffold1120.1
Synonym pfu_aug1.0_1524.1_66010

Manual annotation
Hmmer Search for Pfam
query Total ID Target From To Eval Score cEval iEval Score
pfu_aug2.0_1120.1_01395.t3 2 1 Med24_N 16 858 0.0 702.5 0.0 0.0 679.9
pfu_aug2.0_1120.1_01395.t3 2 2 Med24_N 872 938 0.0 702.5 1.1e-09 8.1e-06 23.6

Blast Hit to nr / sp
query Subject ID Subject Name evalue
pfu_aug2.0_1120.1_01395.t3 gi|432923332|ref|XP_004080423.1| PREDICTED: mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24 isoform X1 [Oryzias latipes] 0.0

Transcript
Transcript IDpfu_aug2.0_1120.1_01395.t1
Definition-
>pfu_aug2.0_1120.1_01395.t1
atggaaaccaagagttctaatcgagcacctactacgtttgctgggaaggttaagaatttactgatgaaggcgtggaggga
gagatggaatgagaaccattggggagtacaacttaaaaaagtattaatgtgcagcgatgcagaagccaaagaattacctg
atatcctgatgaaccaggcgtttgttggacctaatcctaacacattgatactaggatacgtgaagcacatcgtacaatca
cagatggtaccgccaagctccgtttttaacctcattgacaagtatactgacatggcaaggccctactgcattctgggatt
gatagaccttgttgaaacttttggcacaaagttgagttttacctccggcctggactcaagtgtgacattatgtaagtgtt
tacagaacacactacactggttgatgctgtgtgtgctacaggcattacagacactgaaggacatgcgtcagcagcaggag
tacacgtctgtaatagatgctgcctgtatggcaactcagaaaataacggaaaacatcacagtgcagtctctactgtatat
agccatgtctgaggatatagacaagtaccgtgactatgagcagacagttgttaatgttcggggtacactcacaagtcaag
tcgtatcagatacgttaccagaacttagtaaaaggaaagtggaagctgcactacaatctcttctcaaggtacatgaccta
ggcttgtcgagccaggctatatttgatgtcacagacatgtctatatgtcacaccgtcaacgctatgatcgccatggaggc
ggtactttgtccaaccaatgatatacagccatttgtcgagcagatccgagtgacagagagacttctcaaactttcccgtc
cgtacttgttctgtgagatgctgagggcgtgttttatgggtctcattaatgtaaaggacggaccagaggagctcaagtgg
acagcgtttacattccttaagcttccccaagcgttgatcaagctaagtttacaagcaccagggcaggactttggtagaga
actagagcagggctttgaaattctcctcaattctgttcctctgctggatttattggattcaaagcttaactgtgacaaca
ttaagatttttctgttagagtgtaataagtacgatttgttgaccaagtcacagatccaggctctcatgcagagaaggagt
aaagaggcagggcagagaatggaatctagtaaccccacaccgaccttgatcatcagagcagaacccacactcgtaaacat
actcaagaatctcaataaggcattagctgatttcagcaaagcagagactggcagtttagacgcagatatagcaaagaatc
aggacactttgatgggagttctgtgtcaaatgctgtcaggaaaaagctttgaattagttttagctgcagctgcagctaat
ggaaaactacccatttttgttagcaaattagtaaagatcaatgagtttgccaagcagtctcaggcagaagctggtaaggc
agcacagacaagggcattgttgtttgacatctcctttatcatgatgtgctatataacacagctacacggaatcgagatag
tgacatgtaacccagagtgtatggactccttctttgttacatgggctttgcaatgtctgcctgaagatggcaaatacaag
tgtaccgacaacttccctccctctgatcaaaataaagtggataccctcctttcccagctactggccggaagtgacatcaa
acttcagttaacacgctggaatgagatatgtagtattttccctcatgtaacacaggatattttgtttgcctgggaacaca
atgctttgtctacagaaaatgtacaggttttattggaactttctaaaagcaagatgtgcagtattcctgttataatgggt
acctggttgtgtagttatatgaatacagtgggggaagaagccagagaaaaacctatacaaatactacagatactacaaaa
taaagtcctaaaacctgaaggagatgtttattataatgaaaggtatcatttaatggtcaatgtgatgcgtaagttatcca
atgacattctgcctcctaatctccgtgacaacagtagtctgctgatccctacgtccaagcttccaggatttaccatgtcg
aagtgtttacagtctatatttcacaaaggctgggtcgatagtcacaatctacatatactagaacagctactcaatctctg
tggttcagactggttctgtgaaaaggccattaaggagatgctggtcagtaatcgtgtagaggatctaaccaaggcactga
gtctgacgtactctatatttcacatggacatagaacatatagcgttgagtttgatgttccacatgcttcctaagttccta
cagaccccacactacagtcagctgttaactgatcctaagggatacacgttagccaagctaagtgtagctatcattacggc
agctcagacagctagaactacagaaaaagatagcattccacatcttagacgtggaaggaagagatcacggaaggaagttg
acctagaggagatggatgagacagaatgcagacctgtaaaacgtagtaaatcctcatccttagagccccaactaaccttg
gattctgagggcttcaactttgccaacctgatgcggctaatgaatgccgtgtgccaggaacagaagttatgtccacgtat
cagttttataatcagctttatcaatgaagcccttaaatgcggcagccagtattcacgttatattctacagtttatgcctc
ctcaaatggtatcgacagtcatgaagagcgtacctggtgtgtttgacaatcagcagatccttcatatatgtgatcttact
acgtcaacagggaggaaagtggcagctaaagccgtgtgtcaaaactccaaactacgcaaaataatatactga
Transcript IDpfu_aug2.0_1120.1_01395.t2
Definition-
>pfu_aug2.0_1120.1_01395.t2
atggaaaccaagagttctaatcgagcacctactacgtttgctgggaaggttaagaatttactgatgaaggcgtggaggga
gagatggaatgagaaccattggggagtacaacttaaaaaagtattaatgtgcagcgatgcagaagccaaagaattacctg
atatcctgatgaaccaggcgtttgttggacctaatcctaacacattgatactaggatacgtgaagcacatcgtacaatca
cagatggtaccgccaagctccgtttttaacctcattgacaagtatactgacatggcaaggccctactgcattctgggatt
gatagaccttgttgaaacttttggcacaaagttgagttttacctccggcctggactcaagtgtgacattatgtaagtgtt
tacagaacacactacactggttgatgctgtgtgtgctacaggcattacagacactgaaggacatgcgtcagcagcaggag
tacacgtctgtaatagatgctgcctgtatggcaactcagaaaataacggaaaacatcacagtgcagtctctactgtatat
agccatgtctgaggatatagacaagtaccgtgactatgagcagacagttgttaatgttcggggtacactcacaagtcaag
tcgtatcagatacgttaccagaacttagtaaaaggaaagtggaagctgcactacaatctcttctcaaggtacatgaccta
ggcttgtcgagccaggctatatttgatgtcacagacatgtctatatgtcacaccgtcaacgctatgatcgccatggaggc
ggtactttgtccaaccaatgatatacagccatttgtcgagcagatccgagtgacagagagacttctcaaactttcccgtc
cgtacttgttctgtgagatgctgagggcgtgttttatgggtctcattaatgtaaaggacggaccagaggagctcaagtgg
acagcgtttacattccttaagcttccccaagcgttgatcaagctaagtttacaagcaccagggcaggactttggtagaga
actagagcagggctttgaaattctcctcaattctgttcctctgctggatttattggattcaaagcttaactgtgacaaca
ttaagatttttctgttagagtgtaataagtacgatttgttgaccaagtcacagatccaggctctcatgcagagaaggagt
aaagaggcagggcagagaatggaatctagtaaccccacaccgaccttgatcatcagagcagaacccacactcgtaaacat
actcaagaatctcaataaggcattagctgatttcagcaaagcagagactggcagtttagacgcagatatagcaaagaatc
aggacactttgatgggagttctgtgtcaaatgctgtcaggaaaaagctttgaattagttttagctgcagctgcagctaat
ggaaaactacccatttttgttagcaaattagtaaagatcaatgagtttgccaagcagtctcaggcagaagctggtaaggc
agcacagacaagggcattgttgtttgacatctcctttatcatgatgtgctatataacacagctacacggaatcgagatag
tgacatgtaacccagagtgtatggactccttctttgttacatgggctttgcaatgtctgcctgaagatggcaaatacaag
tgtaccgacaacttccctccctctgatcaaaataaagtggataccctcctttcccagctactggccggaagtgacatcaa
acttcagttaacacgctggaatgagatatgtagtattttccctcatgtaacacaggatattttgtttgcctgggaacaca
atgctttgtctacagaaaatgtacaggttttattggaactttctaaaagcaagatgtgcagtattcctgttataatgggt
acctggttgtgtagttatatgaatacagtgggggaagaagccagagaaaaacctatacaaatactacagatactacaaaa
taaagtcctaaaacctgaaggagatgtttattataatgaaaggtatcatttaatggtcaatgtgatgcgtaagttatcca
atgacattctgcctcctaatctccgtgacaacagtagtctgctgatccctacgtccaagcttccaggatttaccatgtcg
aagtgtttacagtctatatttcacaaaggctgggtcgatagtcacaatctacatatactagaacagctactcaatctctg
tggttcagactggttctgtgaaaaggccattaaggagatgctggtcagtaatcgtgtagaggatctaaccaaggcactga
gtctgacgtactctatatttcacatggacatagaacatatagcgttgagtttgatgttccacatgcttcctaagttccta
cagaccccacactacagtcagctgttaactgatcctaagggatacacgttagccaagctaagtgtagctatcattacggc
agctcagacagctagaactacagaaaaagatagcattccacatcttagacgtggaaggaagagatcacggaaggaagttg
acctagaggagatggatgagacagaatgcagacctgtaaaacgtagtaaatcctcatccttagagccccaactaaccttg
gattctgagggcttcaactttgccaacctgatgcggctaatgaatgccgtgtgccaggaacagaagttatgtccacgtat
cagttttataatcagctttatcaatgaagcccttaaatgcggcagccagtattcacgttatattctacagtttatgcctc
ctcaaatggtatcgacagtcatgaagagtgtacctggtgtgtttgacaatcagcagatcttatttatttgtatgtcatcg
ttacaggtatcgacagtcatgaagagcgtacctggtgtgtttgacaatcagcagatccttcatatatgtgatcttactac
gtcaacagggaggaaagtggcagctaaagccgtgtgtcaaaactccaaactacgcaaaataatatactga
Transcript IDpfu_aug2.0_1120.1_01395.t3
Definition-
>pfu_aug2.0_1120.1_01395.t3
atggaaaccaagagttctaatcgagcacctactacgtttgctgggaaggttaagaatttactgatgaaggcgtggaggga
gagatggaatgagaaccattggggagtacaacttaaaaaagtattaatgtgcagcgatgcagaagccaaagaattacctg
atatcctgatgaaccaggcgtttgttggacctaatcctaacacattgatactaggatacgtgaagcacatcgtacaatca
cagatggtaccgccaagctccgtttttaacctcattgacaagtatactgacatggcaaggccctactgcattctgggatt
gatagaccttgttgaaacttttggcacaaagttgagttttacctccggcctggactcaagtgtgacattatgtaagtgtt
tacagaacacactacactggttgatgctgtgtgtgctacaggcattacagacactgaaggacatgcgtcagcagcaggag
tacacgtctgtaatagatgctgcctgtatggcaactcagaaaataacggaaaacatcacagtgcagtctctactgtatat
agccatgtctgaggatatagacaagtaccgtgactatgagcagacagttgttaatgttcggggtacactcacaagtcaag
tcgtatcagatacgttaccagaacttagtaaaaggaaagtggaagctgcactacaatctcttctcaaggtacatgaccta
ggcttgtcgagccaggctatatttgatgtcacagacatgtctatatgtcacaccgtcaacgctatgatcgccatggaggc
ggtactttgtccaaccaatgatatacagccatttgtcgagcagatccgagtgacagagagacttctcaaactttcccgtc
cgtacttgttctgtgagatgctgagggcgtgttttatgggtctcattaatgtaaaggacggaccagaggagctcaagtgg
acagcgtttacattccttaagcttccccaagcgttgatcaagctaagtttacaagcaccagggcaggactttggtagaga
actagagcagggctttgaaattctcctcaattctgttcctctgctggatttattggattcaaagcttaactgtgacaaca
ttaagatttttctgttagagtgtaataagtacgatttgttgaccaagtcacagatccaggctctcatgcagagaaggagt
aaagaggcagggcagagaatggaatctagtaaccccacaccgaccttgatcatcagagcagaacccacactcgtaaacat
actcaagagtttagacgcagatatagcaaagaatcaggacactttgatgggagttctgtgtcaaatgctgtcaggaaaaa
gctttgaattagttttagctgcagctgcagctaatggaaaactacccatttttgttagcaaattagtaaagatcaatgag
tttgccaagcagtctcaggcagaagctggtaaggcagcacagacaagggcattgttgtttgacatctcctttatcatgat
gtgctatataacacagctacacggaatcgagatagtgacatgtaacccagagtgtatggactccttctttgttacatggg
ctttgcaatgtctgcctgaagatggcaaatacaagtgtaccgacaacttccctccctctgatcaaaataaagtggatacc
ctcctttcccagctactggccggaagtgacatcaaacttcagttaacacgctggaatgagatatgtagtattttccctca
tgtaacacaggatattttgtttgcctgggaacacaatgctttgtctacagaaaatgtacaggttttattggaactttcta
aaagcaagatgtgcagtattcctgttataatgggtacctggttgtgtagttatatgaatacagtgggggaagaagccaga
gaaaaacctatacaaatactacagatactacaaaataaagtcctaaaacctgaaggagatgtttattataatgaaaggta
tcatttaatggtcaatgtgatgcgtaagttatccaatgacattctgcctcctaatctccgtgacaacagtagtctgctga
tccctacgtccaagcttccaggatttaccatgtcgaagtgtttacagtctatatttcacaaaggctgggtcgatagtcac
aatctacatatactagaacagctactcaatctctgtggttcagactggttctgtgaaaaggccattaaggagatgctggt
cagtaatcgtgtagaggatctaaccaaggcactgagtctgacgtactctatatttcacatggacatagaacatatagcgt
tgagtttgatgttccacatgcttcctaagttcctacagaccccacactacagtcagctgttaactgatcctaagggatac
acgttagccaagctaagtgtagctatcattacggcagctcagacagctagaactacagaaaaagatagcattccacatct
tagacgtggaaggaagagatcacggaaggaagttgacctagaggagatggatgagacagaatgcagacctgtaaaacgta
gtaaatcctcatccttagagccccaactaaccttggattctgagggcttcaactttgccaacctgatgcggctaatgaat
gccgtgtgccaggaacagaagttatgtccacgtatcagttttataatcagctttatcaatgaagcccttaaatgcggcag
ccagtattcacgttatattctacagtttatgcctcctcaaatggtatcgacagtcatgaagagtgtacctggtgtgtttg
acaatcagcagatcttatttatttgtatgtcatcgttacaggtatcgacagtcatgaagagcgtacctggtgtgtttgac
aatcagcagatccttcatatatgtgatcttactacgtcaacagggaggaaagtggcagctaaagccgtgtgtcaaaactc
caaactacgcaaaataatatactga

Protein
Protein IDpfu_aug2.0_1120.1_01395.t1
Definition-
>pfu_aug2.0_1120.1_01395.t1
METKSSNRAPTTFAGKVKNLLMKAWRERWNENHWGVQLKKVLMCSDAEAKELPDILMNQAFVGPNPNTLILGYVKHIVQS
QMVPPSSVFNLIDKYTDMARPYCILGLIDLVETFGTKLSFTSGLDSSVTLCKCLQNTLHWLMLCVLQALQTLKDMRQQQE
YTSVIDAACMATQKITENITVQSLLYIAMSEDIDKYRDYEQTVVNVRGTLTSQVVSDTLPELSKRKVEAALQSLLKVHDL
GLSSQAIFDVTDMSICHTVNAMIAMEAVLCPTNDIQPFVEQIRVTERLLKLSRPYLFCEMLRACFMGLINVKDGPEELKW
TAFTFLKLPQALIKLSLQAPGQDFGRELEQGFEILLNSVPLLDLLDSKLNCDNIKIFLLECNKYDLLTKSQIQALMQRRS
KEAGQRMESSNPTPTLIIRAEPTLVNILKNLNKALADFSKAETGSLDADIAKNQDTLMGVLCQMLSGKSFELVLAAAAAN
GKLPIFVSKLVKINEFAKQSQAEAGKAAQTRALLFDISFIMMCYITQLHGIEIVTCNPECMDSFFVTWALQCLPEDGKYK
CTDNFPPSDQNKVDTLLSQLLAGSDIKLQLTRWNEICSIFPHVTQDILFAWEHNALSTENVQVLLELSKSKMCSIPVIMG
TWLCSYMNTVGEEAREKPIQILQILQNKVLKPEGDVYYNERYHLMVNVMRKLSNDILPPNLRDNSSLLIPTSKLPGFTMS
KCLQSIFHKGWVDSHNLHILEQLLNLCGSDWFCEKAIKEMLVSNRVEDLTKALSLTYSIFHMDIEHIALSLMFHMLPKFL
QTPHYSQLLTDPKGYTLAKLSVAIITAAQTARTTEKDSIPHLRRGRKRSRKEVDLEEMDETECRPVKRSKSSSLEPQLTL
DSEGFNFANLMRLMNAVCQEQKLCPRISFIISFINEALKCGSQYSRYILQFMPPQMVSTVMKSVPGVFDNQQILHICDLT
TSTGRKVAAKAVCQNSKLRKIIY
Protein IDpfu_aug2.0_1120.1_01395.t2
Definition-
>pfu_aug2.0_1120.1_01395.t2
METKSSNRAPTTFAGKVKNLLMKAWRERWNENHWGVQLKKVLMCSDAEAKELPDILMNQAFVGPNPNTLILGYVKHIVQS
QMVPPSSVFNLIDKYTDMARPYCILGLIDLVETFGTKLSFTSGLDSSVTLCKCLQNTLHWLMLCVLQALQTLKDMRQQQE
YTSVIDAACMATQKITENITVQSLLYIAMSEDIDKYRDYEQTVVNVRGTLTSQVVSDTLPELSKRKVEAALQSLLKVHDL
GLSSQAIFDVTDMSICHTVNAMIAMEAVLCPTNDIQPFVEQIRVTERLLKLSRPYLFCEMLRACFMGLINVKDGPEELKW
TAFTFLKLPQALIKLSLQAPGQDFGRELEQGFEILLNSVPLLDLLDSKLNCDNIKIFLLECNKYDLLTKSQIQALMQRRS
KEAGQRMESSNPTPTLIIRAEPTLVNILKNLNKALADFSKAETGSLDADIAKNQDTLMGVLCQMLSGKSFELVLAAAAAN
GKLPIFVSKLVKINEFAKQSQAEAGKAAQTRALLFDISFIMMCYITQLHGIEIVTCNPECMDSFFVTWALQCLPEDGKYK
CTDNFPPSDQNKVDTLLSQLLAGSDIKLQLTRWNEICSIFPHVTQDILFAWEHNALSTENVQVLLELSKSKMCSIPVIMG
TWLCSYMNTVGEEAREKPIQILQILQNKVLKPEGDVYYNERYHLMVNVMRKLSNDILPPNLRDNSSLLIPTSKLPGFTMS
KCLQSIFHKGWVDSHNLHILEQLLNLCGSDWFCEKAIKEMLVSNRVEDLTKALSLTYSIFHMDIEHIALSLMFHMLPKFL
QTPHYSQLLTDPKGYTLAKLSVAIITAAQTARTTEKDSIPHLRRGRKRSRKEVDLEEMDETECRPVKRSKSSSLEPQLTL
DSEGFNFANLMRLMNAVCQEQKLCPRISFIISFINEALKCGSQYSRYILQFMPPQMVSTVMKSVPGVFDNQQILFICMSS
LQVSTVMKSVPGVFDNQQILHICDLTTSTGRKVAAKAVCQNSKLRKIIY
Protein IDpfu_aug2.0_1120.1_01395.t3
Definition-
>pfu_aug2.0_1120.1_01395.t3
METKSSNRAPTTFAGKVKNLLMKAWRERWNENHWGVQLKKVLMCSDAEAKELPDILMNQAFVGPNPNTLILGYVKHIVQS
QMVPPSSVFNLIDKYTDMARPYCILGLIDLVETFGTKLSFTSGLDSSVTLCKCLQNTLHWLMLCVLQALQTLKDMRQQQE
YTSVIDAACMATQKITENITVQSLLYIAMSEDIDKYRDYEQTVVNVRGTLTSQVVSDTLPELSKRKVEAALQSLLKVHDL
GLSSQAIFDVTDMSICHTVNAMIAMEAVLCPTNDIQPFVEQIRVTERLLKLSRPYLFCEMLRACFMGLINVKDGPEELKW
TAFTFLKLPQALIKLSLQAPGQDFGRELEQGFEILLNSVPLLDLLDSKLNCDNIKIFLLECNKYDLLTKSQIQALMQRRS
KEAGQRMESSNPTPTLIIRAEPTLVNILKSLDADIAKNQDTLMGVLCQMLSGKSFELVLAAAAANGKLPIFVSKLVKINE
FAKQSQAEAGKAAQTRALLFDISFIMMCYITQLHGIEIVTCNPECMDSFFVTWALQCLPEDGKYKCTDNFPPSDQNKVDT
LLSQLLAGSDIKLQLTRWNEICSIFPHVTQDILFAWEHNALSTENVQVLLELSKSKMCSIPVIMGTWLCSYMNTVGEEAR
EKPIQILQILQNKVLKPEGDVYYNERYHLMVNVMRKLSNDILPPNLRDNSSLLIPTSKLPGFTMSKCLQSIFHKGWVDSH
NLHILEQLLNLCGSDWFCEKAIKEMLVSNRVEDLTKALSLTYSIFHMDIEHIALSLMFHMLPKFLQTPHYSQLLTDPKGY
TLAKLSVAIITAAQTARTTEKDSIPHLRRGRKRSRKEVDLEEMDETECRPVKRSKSSSLEPQLTLDSEGFNFANLMRLMN
AVCQEQKLCPRISFIISFINEALKCGSQYSRYILQFMPPQMVSTVMKSVPGVFDNQQILFICMSSLQVSTVMKSVPGVFD
NQQILHICDLTTSTGRKVAAKAVCQNSKLRKIIY

  • MGU Home
  • Genome Projects
  • Information
  • Genome Browser
  • Blast Search
  • Keyword Search
  • Downloads

Gene ID:



Keyword:



  • Login

copyright © Marine Genomics Unit 2015
Okinawa Institute of Science and Technology
1919-1 Tancha, Onna-son, Kunigami-gun, Okinawa, Japan 904-0495