Gene
| Gene Model ID | aug_v2a.07643 |
|---|---|
| Locus | scaf2878 : 165110 ... 170556 : + |
| To GenomeBrowser | scaf2878:165110..170556 |
| Genes list of scaffold | scaf2878 |
Manual annotation
| Study field | Autophagy |
|---|---|
| Gene name | ATG16 |
Annotation by Blast2GO
| Annotation | GO |
|---|---|
| u5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kda protein | GO:0000398 GO:0005515 GO:0005654 GO:0005682 GO:0005732 GO:0005737 GO:0016740 GO:0019013 GO:0044822 GO:0071013 |
Blast Hit to nr / sp
| query | Subject ID | Subject Name | evalue |
|---|---|---|---|
| aug_v2a.07643.t1 | gi|260824758|ref|XP_002607334.1| | hypothetical protein BRAFLDRAFT_276603 [Branchiostoma floridae] | 0.0 |
| aug_v2a.07643.t1 | gi|449663432|ref|XP_004205745.1| | 0.0 | |
| aug_v2a.07643.t1 | gi|632954575|ref|XP_007893036.1| | PREDICTED: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein [Callorhinchus milii] | 0.0 |
| aug_v2a.07643.t1 | gi|507655499|ref|XP_004705086.1| | PREDICTED: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein [Echinops telfairi] | 0.0 |
| aug_v2a.07643.t1 | gi|585692361|ref|XP_006895001.1| | PREDICTED: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein [Elephantulus edwardii] | 0.0 |
Transcript
| Transcript ID | aug_v2a.07643.t1 |
|---|---|
| Definition | - |
>aug_v2a.07643.t1 tcttgtctcaaccaagaaaaggcagcatatatgaagtatctgccattgtggctttgagggaatcggaaatggcgtccaag cgtaagtttaacggtgacacaagtcaagcccttgtccctgtgaagaagcaaaaacagcaccaggtagcgcttttaaacca cgaaggagtcatacaagaggtatgattcaatcttgtacactttgtagattgttttgatgttctacacatatgccttgacg gcaatatgtgattgtgtgtttcatagatgttaaatatttactatggtgttttgctagctccctcaaagaacctccagtct cgatgcgcctattatgctgcttagtggacatgaggtgagtaataataattcacaagttgagctatttctttttaaatggt cacggtaatttcccctaccacaacggtaggctccaacacgttgatgctgtgtatactcccggcccctccaataaatgtga atgactcctctttatttctgtcatctagggagagatttttacggcaagattccatccctcaggagaaactttagcatctg cagggtttgatcgcctaatttgtaagttaaaagcgcaagcgcaacagccaattctaggagcaggcattgttgtgacagca aacgcctagataaaagaaatatgttttgagcccaatgcgagtccgtcattttaaaagcagagtgggtttggcataagggg ttgatggtggggagtgtaggtaagattatcatcctctgcacaacaacatttttagactcacctcagccctctgtcacttt catttcccaagatggtggcatgactttgcaacactcatatttgatccccaccaaaattgaccttctctgcaggctgggca caaattgatgacaattttgcttgatagcttttcctggacagttagccattgacttctttccacaatcaggatgagaaatt 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|
Protein
| Protein ID | aug_v2a.07643.t1 |
|---|---|
| Definition | - |
>aug_v2a.07643.t1 MASKRKFNGDTSQALVPVKKQKQHQVALLNHEGVIQELPQRTSSLDAPIMLLSGHEGEIFTARFHPSGETLASAGFDRLI YLWNVYGECENFAVLKGHTGAVMELHFSLDGSTMFTASTDKTLGIWDFETGTRIKKLKGHTSFVNSCFPSRRGPQFIVSG ADDCTVKLWDTRKRGCAQTFQNVYQVTAASFNDTSDQVISGGIDNEIKVWDLRKNDVLYKMSGHTDTVAGLRLSPDGSFI LSNAMDNTGFIIQNLIKCSWSPDGLMISSGSADRFVYVWDTNSRRILYKLPGHNGSVNDVDFHPNELILMSCGSDKKIYL GELQA* |
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